Luego de proclamarse la independencia del Perú, el Libertador José de San Martín expidió el Decreto de Creación de la Biblioteca Nacional, el 28 de agosto de 1821, documento que en su primer artículo indica que: «Se establecerá una Biblioteca Nacional en esta capital para el uso de todas las personas que gusten concurrir a ella»; con lo que manifiesta que la nueva institución estará al servicio de toda la nación.
En 1822, también se expide un Decreto que obliga a los impresores del territorio a remitir a la Biblioteca, ejemplares de todo lo que se dé a luz en las respectivas imprentas.
Luego de los saqueos de que fuera objeto entre 1823 y 1824, por disposición del Libertador Simón Bolívar se ordena la reorganización de la biblioteca.
Otro hecho que marcaría de manera fatal la historia de la Biblioteca Nacional y la integridad de su colección sería la Guerra del Pacífico, cuando la ciudad de Lima sufrió la ocupación por parte de las fuerzas chilenas, entre 1881 y 1883, período en el cual uno de los salones de la Biblioteca fuera destinado a servir de caballeriza a uno de sus batallones y los libros y documentos administrados sin control.
El escritor Ricardo Palma fue una figura importante en esta época de la Biblioteca Nacional del Perú, quien además de recibir el encargo oficial de reconstruirla, se convirtió en el «Bibliotecario mendigo» ya que aprovechó sus relaciones personales con las figuras eminentes de América y España en beneficio del incremento de la colección bibliográfica; logró recibir importantes donaciones de amistades, intelectuales y entidades privadas y públicas del Perú y el exterior.
El 10 de mayo de 1943 sería presa de un incendio que la destruyera casi en su totalidad, perdiéndose valiosas colecciones de incalculable valor histórico. Al efecto se nombra una Comisión encargada de su reconstrucción y se llama a Jorge Basadre para dirigir y organizar la Biblioteca, que debía resurgir de entre las cenizas. De acuerdo con la Comisión, recomienda que por motivos históricos se levante el nuevo local en el lugar que siempre había funcionado, en el legendario local de la Av. Abancay (centro de Lima)
En el año 2001, Sinesio López Jiménez asume la dirección y se propone el objetivo de integrar a la Biblioteca Nacional en un mundo globalizado, poniendo énfasis en la difusión de información y la conservación efectiva de su patrimonio bibliográfico-documental, además de impulsar la construcción de la nueva sede institucional del primer repositorio bibliográfico documental del país (hoy en el distrito de San Borja)